Legenda spune că romanii au descoperit izvoarele termale cu ajutorul cailor. La Castrul Praetorium de la Mehadia, Cohorta a III-a Delmatarum şi-a cantonat trupele şi au lăsat caii liberi pe Valea Cernei. Caii, plini de răni şi de boli, veniţi după îndelungi războaie şi campanii, s-au îmbăiat instinctiv în apa primului izvor termal care este Izvorul Venera. După un timp soldaţii au văzut că aceste animale s-au refăcut, mai ales că apa acestui izvor a fost foarte eficientă pentru scabie.

Imperiul Roman au construit aici, la Therme Herculi (Ad Aquas Herculi Sacras), temple, băi, monumente și statui, închinate zeilor Hercules, Aesculap și Hygieia. Atestarea documentară a stațiunii datează din anii 153 d.Hr.

Nu există atestări că însuși Împăratul Traian ar fi ctitorit această stațiune, dar s-a dovedit că Împăratul Marcus Aurelius Antonius a poposit, însoţit de mama sa, Iulia Domna, în anul 214. Mărturii stau pietrele funerare găsite în urma unor săpături arheologice.

Istoria modernă a staţiunii începe după 1718 (Pacea de la Passarovitz), în cadrul Imperiului Austriac. Din 1736 începe reconstrucţia şi modernizarea băilor, a căilor de acces, grănicerii bănăţeni construind aici majoritatea edificiilor din staţiune, care poartă amprenta stilului baroc de factură austriacă. Generalul Andreeas Hamilton, guvernator al Banatului din partea împăratului Carol al VI-lea, reclădeşte băile şi menţionează existenţa termelor lui Hercules, Higeea şi Esculap. De-a lungul timpului staţiunea a fost vizitată de mari personalităţi, între care: împăratul Iosif al II-lea, împăratul Francisc I şi împărăteasa Carolina şi de celebrul cuplu imperial Franz Iosef şi Elisabeta (Sissi de Austria).

În acea perioadă s-au construit la Băile Herculane primul cazinou din Europa de Est, dar şi grandioasele hoteluri, Rudolf (actualmente Traian), după numele prinţului moştenitor şi Franz Iosef (acum Decebal), care purta numele împăratului. Acest hotel l-a găzduit în 1887 şi pe regele Carol I al României, care  însoţit de soţia sa, regina Elisabeta, a venit la Băile Herculane, la invitaţia Împărătesei Elisabeta (Sissi de Austria), care se afla într-un sejur în staţiunea de pe Valea Cernei. În 1852, împăratul Franz Iosef spunea despre Băile Herculane că “acum în Valea Cernei există cea mai frumoasă staţiune de pe continent” .

De-a lungul timpului stațiunea a fost vizitată de mari personalități, între care: împăratul Iosif al II-lea, împăratul Francisc I și împărăteasa Carolina. În onoarea vestitei Sissi de Austria, a fost botezată la Herculane, Vila Elisabeta, dăruită de împărat soției sale, care a făcut aici, vreme de mai mulți ani, o cură de ape termale.

În perioada comunistă, staţiunea Băile Herculane a cunoscut o dezvoltare fără precedent, în anii 70-80 ridicându-se marile hoteluri, ajungându-se astfel la o capacitate de peste 5000 de locuri de cazare. Atunci s-a deschis Hotelul Roman, emblema staţiunii din acele vremuri, Hotelul Hercules, dar şi Minerva, Diana, Afrodita, Dacia. Localnicii îşi aduc aminte că staţiunea era plină de turişti tot timpul anului, care veneau aici în mod special pentru tratamentul balnear. A urmat declinul după anii 90, pentru ca în ultimii ani să se facă paşi importanţi pentru modernizarea marilor hoteluri din Băile Herculane, care acum oferă servicii turistice de cea mai bună calitate.